深海での採掘は、数万kmにも渡って深海生態系に影響しうる。また、マンガン団塊の成長には数十年から数百万年かかり、資源回復には時間がかかる。深海の生物とその生態は未知の領域が多く、採掘の影響を予測するのは大変困難である。環境変化や底生生物の直接的な死、堆積物を浮遊させることによる濾過摂食者の窒息死などが懸念されている。

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